O SGP foi estabelecido para desempenhar as principais funções indicadas no regulamento do FI, bem como prestar o apoio técnico e administrativo ao CAFI em coordenação estreita com a ADN e a CNA. Em particular, o papel do SGP, para além de apoiar o CAFI, é conduzir a avaliação preliminar das novas propostas de projeto e fornecer recomendações sobre a viabilidade de projetos e opções de financiamento ao CAFI. O SGP também efetua os pagamentos com base nas recomendações da ADN através da emissão de Formulários de Compromisso e Pagamento (FCPs), Ordens de Compra (Ocs) e Pedidos de Compra (PCs), Journal Voucher e TPO.

A função principal do SGP, nos termos do artigo 14 do decreto-lei nº 13/2016 de 18 de maio, é prestar o apoio técnico e administrativo ao CAFI, nomeadamente:

1.  Execução de pagamentos;
2.  Resumo de projetos/ avaliação de propostas de projetos;
3. Avaliação de projetos;
4.  Relatório de execução e monitorização;
5. Planeamento e orçamentação de projetos (livro orçamental 3A do FI);
6. Interação, coordenação e colaboração com as principais partes interessadas, ou seja, a ADN, CNA e LMs, etc.;
7.  Apoio administrativo ao CAFI.